Vzroki za slabo rejo živali v zaprtih prostorih so različni, pogosteje pa gre za nezadovoljive razmere v gospodarstvu, zlasti mikroklime. Na mikroklimo stavbe vplivajo spremembe temperature in vlažnosti, prisotnost plinov, prahu, mikroorganizmov, perutnina sprošča telesno toploto z dihanjem, pri čemer se sprošča voda. Iztrebki vsebujejo približno 75 odstotkov vlage, ki vlaži steljo in izhlapeva. Tudi pokvarjene ali slabo prilagojene naprave za vodo vlažijo steljo.
Stelja postane vlažna in blatna, kar prispeva k razvoju mikroorganizmov. Suh zrak in vlaga vodita v dehidracijo perutnine, kanibalizem in slabe proizvodne rezultate. Če je stelja preveč suha, pod 20-odstotno vlažnostjo nastane velika količina prahu in poveča se amonijak. Ta nastane z razgradnjo organskih snovi, ki vsebujejo dušik, kot so iztrebki in urin, nakopičeni na stelji. Vpliva predvsem na dihala živali in povzroči zmanjšanje izločanja sluzi in oslabljeno delovanje plapolastega epitelija, kar povzroča zmanjšanje funkcije sluznice kot zaščite pred prodiranjem škodljivih povzročiteljev in zmanjšanje odpornosti telesa na okužbe. Obstaja velika možnost, da so živalski iztrebki prenašalci nalezljivega in invazivnega materiala in ogroža zdravje živali in ljudi.